Keanggotaan PGI mempunyai dua jenis anggota, yaitu Sinode-sinode Gereja dan PGI Wilayah

Sinode Gereja-gereja Anggota PGI

Saat ini terdapat 89 sinode gereja (yang terus bertambah) di bawah PGI, yang berkembang dari 26^[3][4]

1. Huria Kristen Batak Protestan(HKBP)
2. Banua Niha Keriso Protestan(BNKP)
3. Gereja Batak Karo Protestan(GBKP)
4. Gereja Methodis Indonesia (GMI)
5. Gereja Kalimantan Evangelis (GKE)
6. Gereja Masehi Injili di Sangihe Talaud (GMIST)
7. Gereja Masehi Injili di Minahasa(GMIM)
8. Gereja Masehi Injili Bolaang Mongondow (GMIBM)
9. Gereja Kristen Sulawesi Tengah(GKST)
10. Gereja Toraja
11. Gereja Toraja Mamasa (GTM)
12. Gereja Kristen Sulawesi Selatan(GKSS)
13. Gereja Protestan di Sulawesi Tenggara (GEPSULTRA)
14. Gereja Masehi Injili Halmahera(GMIH)
15. Gereja Protestan Maluku (GPM)
16. Gereja Kristen Injili di Tanah Papua(GKI TP)
17. Gereja Masehi Injili di Timor (GMIT)
18. Gereja Kristen Sumba (GKS)
19. Gereja Kristen Protestan Bali(GKPB)
20. Greja Kristen Jawi Wetan (GKJW)
21. Gereja Kristen Indonesia (GKI)
22. Gereja Injili di Tanah Jawa (GITJ)
23. Gereja Kristen Jawa (GKJ)
24. Gereja Kristen Pasundan (GKP)
25. Gereja Kristus (GK)
26. Gereja Protestan di Indonesia bagian Barat (GPIB)
27. Gereja Protestan di Indonesia (GPI)
28. Gereja Isa Almasih (GIA)
29. Gereja Kristen Muria Indonesia(GKMI)
30. Gereja Kristen Protestan Simalungun (GKPS)
31. Gereja Kristen Pemancar Injil(GKPI)
32. Gereja Bethel Injil Sepenuh (GBIS)
33. Gereja Pantekosta Pusat Surabaya(GPPS)
34. Huria Kristen Indonesia (HKI)
35. Gereja Kristen Luwuk Banggai(GKLB)
36. Gereja Kristus Tuhan (GKT)
37. Gereja Protestan Indonesia di Donggala (GPID)
38. Gereja Punguan Kristen Batak(GPKB)
39. Gereja Protestan Indonesia di Gorontalo (GPIG)
40. Gereja Kristen Jawa Tengah Utara(GKJTU)
41. Gereja Kristen Kalimantan Barat(GKKB)
42. Gereja Gerakan Pantekosta (GGP)
43. Gereja Kristen Protestan Indonesia(GKPI)
44. Gereja Protestan Indonesia di Buol Toli-Toli (GPIBT)
45. Gereja Kristen Protestan Mentawai(GKPM)
46. Gereja Kristen Indonesia Sumatera Utara (GKI Sumut)
47. Gereja Kristen Protestan Angkola(GKPA)
48. Gereja Protestan Minahasa (KGPM)
49. Gereja Mission Batak (GMB)
50. Angowuloa Masehi Indonesia Nias(Gereja AMIN)
51. Gereja Kristen Anugerah (GKA)
52. Gereja Protestan Indonesia di Luwu(GPIL)
53. Gereja Kebangunan Kalam Allah(GKKA)
54. Gereja Kristen Kalam Kudus(GKKK)
55. Orahua Niha Keriso Protestan(ONKP)
56. Gereja Kristen di Sumatera Bagian Selatan (GKSBS)
57. Gereja Protestan Kalimantan Barat(GKKB)
58. Gereja Bethel Indonesia (GBI)
59. Gereja Kristen Injili Indonesia (GKII)
60. Gereja Masehi Injili Indonesia(GEMINDO)
61. Gereja Kristen Injili di Indonesia(GEKISIA)
62. Gereja Kristen Luther Indonesia(GKLI)
63. Gereja Protestan Persekutuan(GPP)
64. Gereja Kristen Setia Indonesia(GKSI)
65. Gereja Tuhan di Indonesia (GTdI)
66. Gereja Kristen Indonesia di Sulawesi Selatan (GKI Sulsel)
67. Gereja Kristen Perjanjian Baru (GKPB)
68. Angowuloa Fa'awosa Kho Yesu(AFY)
69. Gereja Rehoboth (GR)
70. Gereja Protestan Indonesia di Papua (GPI Papua)
71. Gereja Kristen Protestan Pak Pak Dairi (GKPPD)
72. Gereja Keesaan Injili Indonesia(GEKINDO)
73. Gereja Masehi Protestan Umum(GMPU)
74. Gereja Kristen Sulawesi Barat (GKSB)
75. Gereja Kristen Oikoumene di Indonesia (GKO)
76. Gereja Sahabat Indonesia (GSI)
77. Gereja Utusan Pantekosta di Indonesia (GUPDI)
78. Gereja Protestan Indonesia di Banggai Kepulauan (GPIBK)
79. Gereja Masehi Injili di Talaud (Germita)
80. Gereja Kristen Abdiel (GKA)
81. Gereja Kristus Rahmani Indonesia(GKRI)
82. Gereja Sidang-Sidang Jemaat Allah(GSJA)
83. Gereja Kristus Yesus (GKY)
84. Gereja Kristen Protestan Injili Indonesia (GKPII)
85. Gereja Kemah Injil Indonesia (GKII)
86. Gereja Protestan Soteria di Indonesia (GPSI)
87. Gereja Kristen Sangkakala Indonesia (GKSI)
88. Kerukunan Gereja Masehi Protestan Indonesia (KGMPI)
89. Jemaat Kristen Indonesia (JKI)

PGI Wilayah

Saat ini terdapat 27 Majelis Pekerja Harian (Cabang) PGI Wilayah^[5]

• PGI Wilayah DKI Jaya
• PGI Wilayah Jawa Barat
• PGI Wilayah Jawa Tengah
• PGI Wilayah Jawa Timur
• PGI Wilayah Sumatera Utara
• PGI Wilayah Kalimantan Selatan
• Pelaksana Harian Sinode Am Gereja-gereja di Sulutteng
• PGI Wilayah Sulselbara
• PGI Wilayah NTT dan Timtim
• PGI Wilayah Maluku
• PGI Wilayah Maluku Utara
• PGI Wilayah Papua
• PGI Wilayah Sumatera Selatan
• PGI Wilayah Kalimantan Barat
• PGI Wilayah Kaltim
• PGI Wilayah Lampung
• PGI Wilayah Bali
• PGI Wilayah Jambi
• PGI Wilayah NTB
• PGI Wilayah Kalteng
• PGI Wilayah Aceh
• PGI Wilayah Sumbar
• PGI Wilayah Riau
• PGI Wilayah Yogyakarta
• PGI Wilayah Bengkulu
• PGI Wilayah Kepulauan Riau
• PGI Wilayah Banten

Selain menjadi wadah nasional Gereja-gereja di Indonesia, PGI juga menjadi anggota Dewan Gereja-gereja Asia (CCA) dan Dewan Gereja-gereja se-Dunia (WCC)

Syarat-syarat Keanggotaan

Berikut adalah syarat-syarat yang harus dipenuhi untuk menjadi Anggota PGI:

1. Mempunyai Tata gereja sendiri memberitakan Firman Allah dan melayani sakramen sesuai dengan kesaksian Alkitab.
2. Mempunyai Anggota Dewasa yang sudah dibaptis/sidi sekurang-kurangnya 2.000 orang.
3. Menunjukkan kerjasama yang baik dengan gereja-gereja tetangganya, terutama gereja anggota PGI.
4. Menyatakan persetujuannya secara tertulis terhadap Dokumen Keesaan Gereja serta kesediaannya untuk melaksanakan semua hal dan kewajibannya sebagai gereja anggota dengan bersungguh-sungguh.
5. Menyatakan kesediaan mencantumkan "ANGGOTA PGI" di belakang nama gereja yang bersangkutan.

Tokoh PGI

• Lies Tamuntuan-Makisanti (GPI)
• Pudjo Setoto Abednego (GBI)
• Frieda Helena PMH Manaloe (GKPI)
• J.R. Hutauruk (HKBP)
• Engkesman Hilep (GKE)
• St. Benyamin Pinem (GBKP)
• Febry C. Tetelepta
• Inget Sembiring (GBKP)
• Togar Simanjuntak (GKSI)
• Andreas A. Yewangoe (GKS)
• Daniel Susanto (GKI)
• Jan Sihar Aritonang (GKPI)
• Margaretha M. Hendriks (GPM)
• Richard M. Daulay (GMI)
• Kumala Setiabrata (Gereja Kristus)
• Weinata Sairin (GKP)
• Christian P. Masengi (GPIB)
• Bungaran Saragih (GKPS)
• St. John R.P. Hutbarat (HKI)
• Yan Santoso Purba (GKPS)
• Yupiter Gulo (BNKP)
• Favor. A. Bancin ( GKPPD )