Keanggotaan PGI mempunyai dua jenis anggota, yaitu Sinode-sinode Gereja dan PGI Wilayah

Sinode Gereja-gereja Anggota PGI

Saat ini terdapat 89 sinode gereja (yang terus bertambah) di bawah PGI, yang berkembang dari 26^[3][4]

1. Huria Kristen Batak Protestan(HKBP)
2. Banua Niha Keriso Protestan(BNKP)
3. Gereja Batak Karo Protestan(GBKP)
4. Gereja Methodis Indonesia (GMI)
5. Gereja Kalimantan Evangelis (GKE)
6. Gereja Masehi Injili di Sangihe Talaud (GMIST)
7. Gereja Masehi Injili di Minahasa(GMIM)
8. Gereja Masehi Injili Bolaang Mongondow (GMIBM)
9. Gereja Kristen Sulawesi Tengah(GKST)
10. Gereja Toraja
11. Gereja Toraja Mamasa (GTM)
12. Gereja Kristen Sulawesi Selatan(GKSS)
13. Gereja Protestan di Sulawesi Tenggara (GEPSULTRA)
14. Gereja Masehi Injili Halmahera(GMIH)
15. Gereja Protestan Maluku (GPM)
16. Gereja Kristen Injili di Tanah Papua(GKI TP)
17. Gereja Masehi Injili di Timor (GMIT)
18. Gereja Kristen Sumba (GKS)
19. Gereja Kristen Protestan Bali(GKPB)
20. Greja Kristen Jawi Wetan (GKJW)
21. Gereja Kristen Indonesia (GKI)
22. Gereja Injili di Tanah Jawa (GITJ)
23. Gereja Kristen Jawa (GKJ)
24. Gereja Kristen Pasundan (GKP)
25. Gereja Kristus (GK)
26. Gereja Protestan di Indonesia bagian Barat (GPIB)
27. Gereja Protestan di Indonesia (GPI)
28. Gereja Isa Almasih (GIA)
29. Gereja Kristen Muria Indonesia(GKMI)
30. Gereja Kristen Protestan Simalungun (GKPS)
31. Gereja Kristen Pemancar Injil(GKPI)
32. Gereja Bethel Injil Sepenuh (GBIS)
33. Gereja Pantekosta Pusat Surabaya(GPPS)
34. Huria Kristen Indonesia (HKI)
35. Gereja Kristen Luwuk Banggai(GKLB)
36. Gereja Kristus Tuhan (GKT)
37. Gereja Protestan Indonesia di Donggala (GPID)
38. Gereja Punguan Kristen Batak(GPKB)
39. Gereja Protestan Indonesia di Gorontalo (GPIG)
40. Gereja Kristen Jawa Tengah Utara(GKJTU)
41. Gereja Kristen Kalimantan Barat(GKKB)
42. Gereja Gerakan Pantekosta (GGP)
43. Gereja Kristen Protestan Indonesia(GKPI)
44. Gereja Protestan Indonesia di Buol Toli-Toli (GPIBT)
45. Gereja Kristen Protestan Mentawai(GKPM)
46. Gereja Kristen Indonesia Sumatera Utara (GKI Sumut)
47. Gereja Kristen Protestan Angkola(GKPA)
48. Gereja Protestan Minahasa (KGPM)
49. Gereja Mission Batak (GMB)
50. Angowuloa Masehi Indonesia Nias(Gereja AMIN)
51. Gereja Kristen Anugerah (GKA)
52. Gereja Protestan Indonesia di Luwu(GPIL)
53. Gereja Kebangunan Kalam Allah(GKKA)
54. Gereja Kristen Kalam Kudus(GKKK)
55. Orahua Niha Keriso Protestan(ONKP)
56. Gereja Kristen di Sumatera Bagian Selatan (GKSBS)
57. Gereja Protestan Kalimantan Barat(GKKB)
58. Gereja Bethel Indonesia (GBI)
59. Gereja Kristen Injili Indonesia (GKII)
60. Gereja Masehi Injili Indonesia(GEMINDO)
61. Gereja Kristen Injili di Indonesia(GEKISIA)
62. Gereja Kristen Luther Indonesia(GKLI)
63. Gereja Protestan Persekutuan(GPP)
64. Gereja Kristen Setia Indonesia(GKSI)
65. Gereja Tuhan di Indonesia (GTdI)
66. Gereja Kristen Indonesia di Sulawesi Selatan (GKI Sulsel)
67. Gereja Kristen Perjanjian Baru (GKPB)
68. Angowuloa Fa'awosa Kho Yesu(AFY)
69. Gereja Rehoboth (GR)
70. Gereja Protestan Indonesia di Papua (GPI Papua)
71. Gereja Kristen Protestan Pak Pak Dairi (GKPPD)
72. Gereja Keesaan Injili Indonesia(GEKINDO)
73. Gereja Masehi Protestan Umum(GMPU)
74. Gereja Kristen Sulawesi Barat (GKSB)
75. Gereja Kristen Oikoumene di Indonesia (GKO)
76. Gereja Sahabat Indonesia (GSI)
77. Gereja Utusan Pantekosta di Indonesia (GUPDI)
78. Gereja Protestan Indonesia di Banggai Kepulauan (GPIBK)
79. Gereja Masehi Injili di Talaud (Germita)
80. Gereja Kristen Abdiel (GKA)
81. Gereja Kristus Rahmani Indonesia(GKRI)
82. Gereja Sidang-Sidang Jemaat Allah(GSJA)
83. Gereja Kristus Yesus (GKY)
84. Gereja Kristen Protestan Injili Indonesia (GKPII)
85. Gereja Kemah Injil Indonesia (GKII)
86. Gereja Protestan Soteria di Indonesia (GPSI)
87. Gereja Kristen Sangkakala Indonesia (GKSI)
88. Kerukunan Gereja Masehi Protestan Indonesia (KGMPI)
89. Jemaat Kristen Indonesia (JKI)