Gereja di Indonesia sudah hadir sejak abad ke-2 Masehi, pertama kali di Fansur/Barus, Sumatera Utara. Sejak saat itu, sampai sekarang di Indonesia telah terdapat/telah ada banyak sekali jenis-jenis (aliran/semacamnya) gereja. Pada umumnya gereja-gereja Kristen di Indonesia dapat dibagi ke dalam tiga aliran utama, yaitu:
- Gereja Katolik Roma dengan sistem episkopal di bawah kepemimpinan Paus
- Gereja-gereja Protestan yang merupakan hasil dari Reformasi Protestan dan berdiri mandiri
- Gereja Ortodoks dengan sistem episkopalnya